LCOV - code coverage report
Current view: top level - io - ioUtils.cpp (source / functions) Hit Total Coverage
Test: test_coverage.info.cleaned Lines: 56 61 91.8 %
Date: 2022-05-27 02:48:28 Functions: 14 24 58.3 %

          Line data    Source code
       1             : #include "ioUtils.h"
       2             : #include "elsaDefines.h"
       3             : 
       4             : #include <algorithm>
       5             : #include <cctype>
       6             : #include <cstdlib>
       7             : 
       8             : namespace elsa
       9             : {
      10          66 :     void StringUtils::trim(std::string& str)
      11             :     {
      12             :         // trim whitespace from beginning
      13          66 :         str.erase(str.begin(), std::find_if(str.begin(), str.end(),
      14         229 :                                             [](int ch) { return std::isspace(ch) == 0; }));
      15             :         // trim whitespace from end
      16             :         str.erase(
      17         163 :             std::find_if(str.rbegin(), str.rend(), [](int ch) { return std::isspace(ch) == 0; })
      18          66 :                 .base(),
      19         132 :             str.end());
      20          66 :     }
      21             : 
      22          37 :     void StringUtils::toLower(std::string& str)
      23             :     {
      24             :         std::transform(str.begin(), str.end(), str.begin(),
      25         340 :                        [](unsigned char c) { return std::tolower(c); });
      26          37 :     }
      27             : 
      28           2 :     void StringUtils::toUpper(std::string& str)
      29             :     {
      30             :         std::transform(str.begin(), str.end(), str.begin(),
      31          24 :                        [](unsigned char c) { return std::toupper(c); });
      32           2 :     }
      33             : 
      34          11 :     index_t DataUtils::getSizeOfDataType(DataUtils::DataType type)
      35             :     {
      36          11 :         switch (type) {
      37           2 :             case DataType::INT8:
      38             :             case DataType::UINT8:
      39           2 :                 return 1;
      40           2 :             case DataType::INT16:
      41             :             case DataType::UINT16:
      42           2 :                 return 2;
      43           6 :             case DataType::INT32:
      44             :             case DataType::UINT32:
      45             :             case DataType::FLOAT32:
      46           6 :                 return 4;
      47           1 :             case DataType::FLOAT64:
      48           1 :                 return 8;
      49             : 
      50           0 :             default:
      51           0 :                 throw InvalidArgumentError("DataUtils::getSizeOfDataType: unknown data type");
      52             :         }
      53             :     }
      54             : 
      55             :     template <typename data_t>
      56          15 :     data_t DataUtils::parse(const std::string& str)
      57             :     {
      58             :         data_t value;
      59          16 :         std::stringstream convert(str);
      60          15 :         convert >> value;
      61          15 :         if (convert.fail())
      62           1 :             throw Error("DataUtils::parse: failed to interpret string");
      63          28 :         return value;
      64             :     }
      65             : 
      66             :     template <typename data_t>
      67           8 :     std::vector<data_t> DataUtils::parseVector(const std::string& str)
      68             :     {
      69           8 :         std::vector<data_t> dataVector;
      70             : 
      71             :         data_t value;
      72          16 :         std::stringstream convert(str);
      73          24 :         while (!convert.eof()) {
      74          17 :             convert >> value;
      75          17 :             if (convert.fail())
      76           1 :                 throw Error("DataUtils::parseVector: failed to interpret string");
      77          16 :             dataVector.push_back(value);
      78             :         }
      79             : 
      80          14 :         return dataVector;
      81             :     }
      82             : 
      83             :     template <typename raw_data_t, typename data_t>
      84           4 :     void DataUtils::parseRawData(std::istream& file, DataContainer<data_t>& data)
      85             :     {
      86           4 :         auto sizeInElements = static_cast<std::size_t>(data.getSize());
      87           4 :         auto sizeInBytes = static_cast<index_t>(sizeInElements * sizeof(raw_data_t));
      88             : 
      89             :         // allocate temporary storage
      90           8 :         auto ptr = std::make_unique<raw_data_t[]>(sizeInElements);
      91           4 :         if (!ptr)
      92           0 :             throw Error("DataUtils::parseRawData: failed allocating memory");
      93             : 
      94             :         // parse data into the storage
      95           4 :         file.read(reinterpret_cast<char*>(ptr.get()), sizeInBytes);
      96           4 :         if (file.gcount() != sizeInBytes)
      97           0 :             throw Error("DataUtils::parseRawData: failed to read sufficient data");
      98             : 
      99             :         // perform a component-wise copy to the data container
     100         433 :         for (std::size_t i = 0; i < sizeInElements; ++i)
     101         429 :             data[static_cast<index_t>(i)] = static_cast<data_t>(ptr[i]);
     102           4 :     }
     103             : 
     104           1 :     std::string FileSystemUtils::getAbsolutePath(std::string path, std::string base)
     105             :     {
     106             :         // note: this should really be done with C++17 <filesystem>... if it were universally
     107             :         // available
     108             : 
     109             :         // split off filename at end
     110           1 :         auto found = base.find_last_of("/\\");
     111           1 :         if (found == std::string::npos)
     112           1 :             base = ".";
     113             :         else
     114           0 :             base = base.substr(0, found);
     115             : 
     116             :         // use POSIX realpath [TODO: will not work on Windows!]
     117           1 :         char* resolved = realpath(base.c_str(), nullptr);
     118           1 :         std::string basePath(resolved);
     119           1 :         free(resolved);
     120             : 
     121           2 :         return (basePath + "/" + path);
     122             :     }
     123             : 
     124             :     // ------------------------------------------
     125             :     // explicit template instantiation
     126             :     template float DataUtils::parse(const std::string&);
     127             :     template double DataUtils::parse(const std::string&);
     128             :     template index_t DataUtils::parse(const std::string&);
     129             : 
     130             :     template std::vector<float> DataUtils::parseVector(const std::string&);
     131             :     template std::vector<double> DataUtils::parseVector(const std::string&);
     132             :     template std::vector<index_t> DataUtils::parseVector(const std::string&);
     133             : 
     134             :     template void DataUtils::parseRawData<uint16_t, float>(std::istream&, DataContainer<float>&);
     135             :     template void DataUtils::parseRawData<float, float>(std::istream&, DataContainer<float>&);
     136             :     template void DataUtils::parseRawData<double, float>(std::istream&, DataContainer<float>&);
     137             :     template void DataUtils::parseRawData<uint16_t, double>(std::istream&, DataContainer<double>&);
     138             :     template void DataUtils::parseRawData<float, double>(std::istream&, DataContainer<double>&);
     139             :     template void DataUtils::parseRawData<double, double>(std::istream&, DataContainer<double>&);
     140             :     template void DataUtils::parseRawData<uint16_t, index_t>(std::istream&,
     141             :                                                              DataContainer<index_t>&);
     142             :     template void DataUtils::parseRawData<float, index_t>(std::istream&, DataContainer<index_t>&);
     143             :     template void DataUtils::parseRawData<double, index_t>(std::istream&, DataContainer<index_t>&);
     144             : } // namespace elsa

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